Introduction
BioObs permet de gérer son carnet de plongée et de partager ses observations naturalistes mais également :
- De participer à l’acquisition de connaissances environnementales,
- De se former et de s’auto-former,
- De se reconnecter à la Nature et développer un lien social.
A l’occasion de la mise en ligne par l’INPN de 410 nouveaux clichés issus de BioObs [1], voici une présentation résumée de BioObs.
Diffusion de nouvelles photos et données d’observations d’espèces marines
La diffusion & la valorisation des données de BioObs
C’est en Août 2009 que les premières données d’observations naturalistes de BioObs ont été déversées pour la première fois vers l’INPN.
Par la suite :
- Une extraction mensuelle de l’ensemble des données d’observation de BioObs a été mise à la disposition de l’INPN géré par l’UMS PatriNat (voir plus loin),
- Dès sa création, l’association Les Amis de BioObs a validé la charte INPN qui définit les droits et les engagements de tout contributeur fournissant des données.
L’Unité mixte de service PatriNat (Patrimoine Naturel) est le centre de données et d’expertise sur la Nature qui assure des missions d’expertise et de gestion des connaissances pour ses trois tutelles, l’Office français de la biodiversité (OFB), le Muséum National d’Histoire Naturelle (MNHN) et le Centre national de la recherche scientifique (CNRS).
En charge de la gestion d’une plate-forme nationale pour la bancarisation et la diffusion nationale des données, l’UMS PatriNat assure la diffusion, la valorisation et la synthèse de ces données, notamment via de grands portails publics :
- L’Inventaire National du Patrimoine Naturel (INPN), dont elle organise le pilotage, l’animation et la gestion.
C’est dans ce cadre qu’un récent portail a été mis en ligne en Octobre 2020 (cf. LNB Octobre 2020) : OpenObs permet la visualisation, l’exploration, la validation et le téléchargement de données d’observation d’espèces,
- Le GBIF (Global Biodiversity Information Facility) est son point nodal français pour la diffusion au niveau international.
Le GBIF est un programme scientifique international fondé à l’initiative de l’OCDE. Il vise à rassembler et diffuser librement toutes les données primaires connues sur la biodiversité. Pour ce faire, il connecte des bases de données d’observations ou de collections d’histoire naturelle, les rend interopérables et librement accessibles.
C’est ainsi que le 04 Juillet 2018 la milliardième donnée diffusée par le GBIF a été une observation BioObs réalisée à Saint-Pierre et Miquelon.
La valorisation des données d’observation peut donc être internationale (via le GBIF), nationale ou bien locale dans le cas d’un Atlas de la Biodiversité Communale.
Un Atlas de la Biodiversité Communal (ABC) ou Intercommunal (ABI) permet à une commune ou à une structure inter-communale de connaître, de préserver et de valoriser son patrimoine naturel. Sa mise en place poursuit de multiples objectifs [2] :
- Mieux connaître la biodiversité d’un territoire et identifier les enjeux spécifiques qui y sont liés,
- Sensibiliser et mobiliser les élus, les acteurs socio-économiques et les citoyens à la préservation de cette biodiversité, en la considérant comme un bien commun à maintenir et à valoriser,
- Intégrer les enjeux de biodiversité en amont des démarches d’aménagement et de gestion du territoire.
La réalisation d’un ABC permet d’embarquer une communauté d’observateurs et/ou une association ayant pour objectif la promotion et la découverte de la biodiversité des milieux naturels, des habitats et du fonctionnement des écosystèmes.
A titre d’exemple, l’Association pour l’Etude et la Conservation des Sélaciens (APECS) a réalisé un tel rapport pour le volet biodiversité marine : les requins, raies, poissons osseux et mammifères marins.
Les données d’observations de BioObs ont été utilisées pour cette étude puisqu’elles permettent :
- De suivre la biodiversité sur de larges échelles géographiques et sur de longues périodes,
- D’identifier les tendances d’évolution de la faune et de la flore.
Ce rapport [3] actualise une première synthèse réalisée en 2017 qui ne concernait que les requins et les raies.
La collecte des données naturalistes
Deux types de collectes de données sont couramment mises en œuvre :
- La collecte de données protocolées
Cette méthode est standardisée, souvent dans un objectif de quantification des observations, via des méthodes de suivi, d’observation et de remontée de données qui leurs sont propres,
- La collecte de données opportunistes
Les données opportunistes sont issues d’observations réalisées sans protocole précis, par des observateurs variés au gré de leurs explorations et selon des durées, des lieus et des méthodes d’identification épars.
La collecte protocolée
De nombreux projets élaborent des protocoles de collecte de données qui permettent, par exemple :
- De disposer de paramètres généraux (temps passé à la collecte des données, profondeur, température, habitat et son orientation, ses dimensions et sa continuité, …),
- De relever tout désordre ou pression sur le milieu (présence de mucilage, nécrose, engins de pêche perdus, déchets, …),
- Pour une liste d’espèces a minima, avec ou sans abondance des espèces et/ou leurs maturités.
Ce type de protocole n’est pas mis en œuvre par BioObs, principalement en raison de ses contraintes et difficultés de mise en oeuvre :
- Un risque de découragement de la part des participants en raison de l’investissement significatif pour l’acquisition de connaissances nécessaires,
- Une limitation du sentiment de « plaisir » à y participer (à terme, il y a un risque de ne pas fidéliser les participants),
- Une réelle limitation du nombre de participants et du nombre d’observations.
Les données opportunistes
BioObs permet la collecte de données « opportunistes », c’est-à-dire toutes les espèces observées par tout plongeur au cours de son évolution.
Sans contrainte sur la liste d’espèces à observer, les observations par le plongeur permet :
- D’apporter une vision globale sur la communauté d’espèces observée au cours d’une plongée (et des habitats caractérisés par ces communauté d’espèces),
- De renseigner l’apparition de nouvelles espèces (espèces invasives, espèces modifiant son aire de répartition sous l’effet du changement climatique).
Il s’agit du protocole mis en œuvre par BioObs puisqu’il s’agit de renseigner son carnet de plongée : en complément des informations traditionnelles (site de plongée, durée, profondeur, température de l’eau, lestage), chaque observateur indique la liste des espèces observées, ajoute ses photographies et partage ces éléments avec sa palanquée.
La gestion des observations naturalistes par BioObs
Les référentiels taxonomiques
Les données produites par tout projet de sciences participatives doivent être interopérables avec une base de données, nationale et/ou internationale, ceci pour en permettre la plus large utilisation (études, travaux de recherches, politique publique de gestion ou d’aménagement d’un site, détection précoce d’espèce exotique envahissante, présence d’espèce patrimoniale, …).
Dès sa conception, BioObs a retenu deux référentiels scientifiques :
Référentiel international des espèces marines, le WoRMS est mis à jour à de manière continue par les experts en taxonomie. Il présente les synonymes (valides ou non valides), les noms vernaculaires et intègre les références provenant d’autres référentiels comme par exemples AlgaeBase, FishBase et SeaLifeBase,
Ce référentiel a pour but de lister et d’organiser les noms scientifiques de l’ensemble des êtres vivants recensés sur le territoire. Il est élaboré et diffusé par le Muséum National d’Histoire Naturelle dans le cadre de la mise en œuvre du Système d’Information sur la Nature et les Paysages (SINP).
Toute donnée d’observation est donc associée à une espèce décrite dans l’un et/ou l’autre de ces référentiels, chacun étant mis à jour de manière asynchrone.
La mise à jour de la liste des espèces
Le référentiel des fiches-espèces de BioObs est complété et mis à jour régulièrement lors de :
- La création d’une nouvelle fiche-espèce
Elle fait suite à une observation et est réalisée dans les meilleurs délais puisqu’il s’agit de pouvoir intégrer la première d’observation d’une espèce. Elle peut être anticipée pour permettre le premier signalement comme dans le cas d’une espèce exotique envahissante ou bien d’une espèce patrimoniale « à découvrir » par les observateurs,
- La mise à jour du référentiel national TAXREF
L’objectif principal étant que toute donnée d’observation reste interopérable avec le référentiel national TAXREF, le référentiel BioObs est mis à jour de manière synchrone aux évolutions du TAXREF, ce qui a pour conséquence de ne pas prendre en compte immédiatement de toute nouvelle publication scientifique (celles qui révisent régulièrement le nom et/ou le genre de certaines espèces),
- La mise à jour sur les complexes d’espèces cryptiques
Lorsqu’une (nouvelle) étude permet de dissocier deux espèces et que l’aire de répartition permet de les différencier, la fiche-espèce, les observations ainsi que les photographies sont réparties sur l’une et l’autre des fiches-espèces.
Deux exemples récents illustrent cette dissociation : la rose de mer et le sar qui font maintenant l’objet de fiches distinctes en fonction de l’aire de répartition Atlantique / Méditerranée. A l’inverse, lorsqu’aucune différence morphologique ne permet de distinguer deux espèces, les espèces considérées peuvent être regroupées sur une unique fiche-espèce (par exemple, la couleuvre à collier d’Europe) ou par une fiche correspondant à un niveau taxonomique supérieur (par exemple, Botrylloides sp).
Le nombre de nouvelle fiches-espèces créées en Janvier confirme qu’il reste de nombreuses espèces « à découvrir » (et que la crise sanitaire n’a pas empêché ces découvertes). Quelques-unes des nouvelles fiches-espèces créées en Janvier 2021
La saisie des observations
Afin d’aider l’observateur à saisir ses données opportunistes, BioObs met en oeuvre plusieurs dispositions :
- L’observation « sûre » ou « douteuse »
Pour chaque observation, l’observateur doit choisir s’il est certain de l’espèce observée ou bien s’il a un doute. Ce choix est plus facile à réaliser que par une échelle exprimée en % (communément mise en œuvre mais plus difficile à utiliser),
- Le bilan des observations par site
Ce bilan présente la liste des espèces déjà observées sur un site ou un ensemble de sites. Cette liste peut être imprimée et utilisée pour préparer une plongée (briefing) ou une sortie naturaliste. Elle est également utile pour aider à la saisie d’un relevé d’observation,
- Les confusions possibles
Présenté sur la fiche-espèce, le paragraphe « confusion possible » présente les espèces ressemblantes : il aide l’observateur à déterminer si son observation est « sûre » ou bien « douteuse »,
- Le choix de la zone géographique
La liste des espèces présentées est dépendante de la zone géographique considérée, tout en laissant la possibilité de sélectionner une espèce non encore identifiées pour cette zone. Au cours de sa saisie, l’observateur peut également consulter l’aire de distribution de chaque espèce,
- Le niveau de l’observateur
Au début de la saisie d’un relevé d’observation, l’utilisateur peut adapter le nombre d’espèces qui lui sera proposé au cours de sa saisie : les espèces présentées seront priorisées par le nombre observations déjà réalisées pour la zone considérée.
Cette gestion de la liste d’espèces proposées doit éviter de décourager tout observateur « débutant » et lui permettre de progresser :
-
- Une liste d’espèce trop courte serait ennuyeuse et/ou frustrante,
- A l’inverse, une liste trop longue pourrait provoquer un stress ou le décourager.
Ce principe est celui de la « ludification » décrit par Mihály Csíkszentmihályi : l’observateur doit rester dans une zone comprise entre l’anxiété et l’ennui, ce qui lui permet de progresser sans contrainte. Il peut être représenté de la manière suivante :
Le nombre d’espèces est « adaptable » par chaque observateur en fonction du contexte (cf. FAQ, § Créer un relevé d’observation) puisque sa connaissance pour un site donné, sa disponibilité, son envie de progresser ou bien d’aider une palanquée à progresser lors d’une formation sont toujours contextuelles.
C’est la mise en application de ce principe qui permet à tout observateur d’utiliser BioObs, quel que soit son niveau, d’entretenir sa motivation et de l’aider à progresser individuellement.
Cette progression est ensuite visible via son carnet de plongée : le nombre d’espèces observées augmente régulièrement au fur et à mesure de l’utilisation du carnet de plongée BioObs.
La validation des données d’observations
La validation de toutes les données d’observation est importante et plusieurs étapes de validation sont mises en œuvre dans l’objectif :
- De valider les données d’observations,
- D’améliorer régulièrement la qualité de ces données,
- D’aider l’observateur à progresser.
Validation taxinomique
Une validation taxonomique des observations est réalisée par une équipe :
- Ayant une bonne connaissance du bassin ou de la zone géographique d’observation,
- Qui peuvent, si nécessaire, solliciter l’observateur afin de demander des informations complémentaires (photographie) et/ou un réseau de scientifiques qui collaborent à ce projet.
Cette validation est spécifiée via un protocole de validation.
Lorsque des modifications sont apportées au cours de cette validation, un message est envoyé à l’auteur du relevé afin de le remercier et lui indiquer les éventuels changements effectués, ceci dans une démarche d’apprentissage.
Il est important de rappeler que le « doute » de tout observateur ou toute erreur dans un relevé ne doivent pas être un frein, tout au contraire : comme présenté dans un article de Vigie-Nature [4], les traitements statistiques sur les données permettent d’intégrer ces erreurs qui sont inhérentes à tout projet de science participative, projet qui doit rester un outil de formation.
Amélioration continue
Une autre démarche est le signalement d’erreur vers l’équipe BioObs via un formulaire situé sur chaque fiche-espèce : il permet de partager tout commentaire ou remarque.
Chacun peut donc l’utiliser pour participer à l’amélioration de la qualité des données.
Stabilité et cohérence sur la durée
Une composante importante de tout programme de sciences participatives est sa stabilité.
En place depuis le lancement du projet, ces principes de collectes et de validation des données sont restés quasi-inchangées sur une durée significative, ce qui permet de garantir la cohérence à l’ensemble des données collectées.
Évaluation du jeu de données
Après chaque intégration d’un jeu de données par l’INPN, un rapport permet de détecter les éventuelles erreurs et d’apporter les corrections nécessaires.
Conclusion
BioObs, carnet de plongée, outil de formation, projet de sciences participatives, … Ses facettes sont nombreuses et ne cessent d’évoluer.
En tout état de cause, c’est aussi un excellent moyen pour se reconnecter à la Nature et pour développer un sentiment d’appartenance à une communauté. Alors, après ces longues périodes de confinement, continuons de partager nos observations avec BioObs.
Les références
[1] Diffusion de nouvelles photos et données d’observations d’espèces marines partagées par l’association des Amis de BioObs, (INPN, 22/02/2021).
[2] À propos des Atlas de la biodiversité communale (Office français de la biodiversité, site abc naturefrance).
[4] Les erreurs d’observations ne sont pas un problème, au contraire ! (Vigie-Nature, 30/04/2020).