BioObs

En mai, faisons progresser la biodiversité

Comme indiqué via une précédente newsletter, la validation des données a été relancée fin mars. C’était plus de 1 400 relevés qui étaient en attente d’une validation, un volume significatif que l’équipe BioObs a traité en partie, sans défaillir.

La validation est l’un des piliers de tout projet de sciences participatives : elle est essentielle pour que tous les observateurs progressent (nous aussi) et qu’ils continuent de partager leurs observations.

Aujourd’hui, autour de 580 relevés sont en attente de validation mais il s’agit de nouveaux relevés puisque nous sommes de plus en plus nombreux utiliser le nouveau carnet.

La fréquentation du site continue d’augmenter, tout comme le nombre d’observations validées qui dépasse maintenant les 785 000 observations (validées). Le million d’observations semble tout proche. Affaire à suivre …

Pour la suite de cette newsletter, nous vous proposons de découvrir une récente évolution de BioObs et l’utilisation de l’ADN environnemental (ADNe).

L’ADNe transforme radicalement le suivi et la surveillance biologique marine en France, en particulier pour la détection précoce des Espèces Non Indigènes (ENI). Ces deux méthodes, ADNe et Sciences Participatives, présentent des avantages, des limites et des complémentarités qu’il est crucial d’exploiter pour une gestion durable des écosystèmes marins.

 

BioObs et ses trois « chats »

Il y a quelques temps, deux « chats » ont été mis en œuvre:

  • Le premier entre les observateurs et les validants, pour échanger sur les données, photographies, ..
  • Le second entre les validants, pour fluidifier le process de validation et que tous les participants puissent bénéficier des échanges (souvent formateurs).

Comme certains l’ont remarqué, il manquait le « chat », le chat entre tous les participants d’un relevé.

Vous l’avez demandé et BioObs l’a fait : il est dorénavant possible d’échanger (de chatter) entre membres d’une palanquée parce qu’il est agréable (et utile) de continuer d’échanger après le débriefing qui suit une plongée.

Vous pouvez accéder à vos discussions à partie de l’onglet dédié (ou du menu en haut à droite) : les échanges entre les membres d’un relevé sont « Interne au relevé » (les autres échanges sont « Entre les validants et les observateurs »).

Pour chaque discussion, le lien en haut « Ouvrir l’objet de la discussion » vous permet d’accéder au relevé concerné :

Présentation du carnet de plongée BioObs

Vous souhaitez en apprendre davantage, vous rencontrez des difficultés, vous rechercher des TIP pour améliorer vos relevés ? N’hésitez pas nous rejoindre et/ou d’inviter vos proches à venir découvrir BioObs et échanger avec l’équipe. La prochaine session (gratuite et sur inscription) est planifiée le mercredi 17 juin.

https://www.helloasso.com/associations/les-amis-de-bioobs/evenements/le-carnet-de-plongee-bioobs-2026-06

Exposition « Mémoire sauvée de l’eau « 

« Mémoire sauvée de l’eau », œuvre de l’artiste Manon Lanjouère réalisée en collaboration avec BioObs, présente un conte dystopique dans lequel les restes organiques des espèces victimes de la pêche industrielle de l’époque actuelle se fossiliseraient, devenant les derniers témoins d’une biodiversité méconnue dans le futur. Cette exposition nous alerte sur les risques d’extinction liés à l’inaction actuelle dans la protection de environnement marin.

BioObs remercie particulièrement ses contributeurs photographes ayant autorisé l’utilisation de leurs clichés pour servir de modèle à l’artiste pour la réalisation des fossiles.

Nous vous invitons à découvrir cette œuvre originale, visible jusqu’au 27 septembre 2026 au sein de l’exposition « La mer jamais ne s’oublie« , exposition collective présentant les travaux d’Anita Conti, Julie Bourges, Marine Lanier, Juliette Pavy, et Manon Lanjouère aux Champs Libres, 10 cours des Alliés à Rennes (entrée gratuite).

Crédit photo : Lise Gaudaire

 

L’ADN environnemental et les Sciences Participatives

L’utilisation de l’ADN environnemental (ADNe) transforme radicalement le suivi et la surveillance biologique marine en France, en particulier pour la détection précoce des Espèces Non Indigènes (ENI). Ces deux méthodes, ADNe et Sciences Participatives, présentent des avantages, des limites et des complémentarités qu’il est crucial d’exploiter pour une gestion durable des écosystèmes marins.

Nous vous proposons de découvrir ces méthodes complémentaires.

Création BioObs via Copilot

 

Définition de l’ADN environnemental (ADNe)

L’ADN environnemental correspond au matériel génétique libéré par les organismes vivants dans leur milieu (eau, sédiments, air) via des sécrétions, des fèces, des gamètes ou la décomposition de tissus.

Dans le milieu marin, au lieu de capturer l’animal, on capture les traces invisibles qu’il laisse derrière lui. Une fois l’échantillon d’eau prélevé, on utilise le métabarcoding (méthode non ciblée) ou des méthodes ciblées pour rechercher des espèces attendues : on amplifie des séquences d’ADN spécifiques pour identifier simultanément toutes les espèces présentes dans l’échantillon en les comparant à des bases de données de référence.

Quelques exemples d’utilisation en France métropolitaine

Sur ses trois façades maritimes (Manche-Atlantique, Méditerranée, Outre-mer), la France utilise l’ADNe pour divers programmes :

  • La surveillance des ports de commerce et la détection précoce

Les ports comme Marseille ou Le Havre sont des points d’entrée majeurs pour les ENI via les eaux de ballast. L’ADNe permet de détecter des espèces comme le crabe bleu américain (Callinectes sapidus) ou des algues invasives bien avant qu’elles ne soient visibles à l’œil nu.

  • Le suivi des parcs naturels marins

En Mer d’Iroise, l’ADNe est utilisé pour inventorier la biodiversité et repérer l’arrivée de nouvelles espèces (certaines pouvant être favorisées par le réchauffement climatique).

  • La gestion des aires marines protégées

Une étude de type « BioBlitz » à l’échelle nationale a utilisé le metabarcoding pour cartographier la diversité des poissons marins côtiers, offrant une base de données précieuse pour la gestion des aires protégées.

  • La détection et la validation d’espèces cryptiques

Certaines ENI ressemblent énormément aux espèces locales. L’analyse génétique lève le doute là où l’observation visuelle échoue. A titre d’exemple, l’ascidie boussole (Asterocarpa humilis) a été identifiée en France par metabarcoding sur des larves ou bien le bryozoaire Watersipora subatra dans des marinas.

 

Intérêts et limites de l’ADN environnemental

L’ADN environnemental est une méthode non invasive qui ne nécessite pas de capturer des espèces ou de perturber la faune et la flore des sites prospecter.

Cette méthode (l’approche dite holistique) se réalise simplement par un prélèvement d’eau ou de sédiments. Elle permet d’analyser la présence de nombreux groupes biologiques simultanément (poissons, invertébrés, micro-organismes) en un seul test. Il est également possible de récolter des organismes sur des collecteurs (plaques de collecte) ou via un filet à plancton.

Sa haute sensibilité autorise la détection d’espèces rares, peu accessibles (zones difficiles, crevasses, profondeur) ou en faible densité.

Elle permet ainsi d’anticiper des débuts d’invasion biologique.

L’ADN étant transporté par les courants, les résultats peuvent correspondre à des « faux positifs » issus d’autres zones géographiques. Ce matériel génétique peut être difficile à interprété en raison de sa dégradation dans le milieu naturel ou en l’absence de données de référence. La fiabilité de la méthode dépend directement de la qualité des bibliothèques génétiques (comme BOLD ou GenBank). Si une espèce n’est pas « référencée », l’ADNe restera muet.

Les données fournies ne donnent aucune information sur l’âge des individus, leur taille, ni leur état sanitaire.

 

ADNe et Sciences Participatives, des outils complémentaires ?

L’évaluation de la biodiversité marine repose sur des méthodes variées, dont deux approches en plein essor :

  • L’ADN environnemental (ADNe) : Technique moléculaire analysant des traces d’ADN dans l’eau, les sédiments ou l’air pour identifier les espèces présentes.
  • Les sciences participatives : Implication de citoyens (plongeurs, pêcheurs, naturalistes) dans la collecte de données via des protocoles standardisés (ex. : observations visuelles, photographies).

L’ADNe et les sciences participatives ne s’opposent pas mais s’enrichissent mutuellement pour offrir une « pression d’observation inégalée ».

Le métabarcoding permet de détecter des espèces rares, cryptiques ou à de faibles niveaux d’abondance (comme des larves planctoniques) qui échappent souvent à l’œil nu des observateurs bénévoles alors que  les observations de terrain (photos, prélèvements d’individus) réalisées par les citoyens permettent de valider morphologiquement les signaux génétiques détectés par ADNe. De plus, le recours aux citoyens permet de couvrir des zones géographiques vastes (plusieurs façades maritimes) qu’un laboratoire de recherche seul ne pourrait échantillonner sur un temps court.

Le tableau ci-après reprend quelques critères de comparaison :

Les exemples suivants montrent la complémentarité des outils.

Quelles seraient les recommandations pour une approche intégrée ?

  1. Coupler les méthodes : utiliser l’ADNe pour valider ou élargir les inventaires participatifs (ex. : détecter des espèces rares ou nocturnes) et orienter les campagnes d’ADNe vers les zones sous-échantillonnées par les citoyens (ex. : grands fonds),
  2. Former et outiller les participants : développer des protocoles hybrides (ex. : kits de prélèvement d’eau simplifiés pour les plongeurs) et sensibiliser aux limites de chaque méthode (ex. : l’ADNe ne distingue pas les individus vivants des morts),
  3. Centraliser les données : croiser les jeux de données et améliorer les modèles de distribution d’espèces,
  4. Optimiser les coûts : réserver l’ADNe aux questions ciblées (ex. : suivi de pathogènes) et étendre les sciences participatives pour les suivis à large échelle,
  5. Impliquer les gestionnaires : intégrer ces approches dans les plans de gestion des AMP ou les directives européennes (ex. : Directive Cadre Stratégie pour le Milieu Marin).

 

 

Une révolution pour la biosécurité marine

L’ADNe ne remplace pas encore les méthodes traditionnelles (chalutage, plongée, ..), mais s’impose comme un outil de surveillance sentinelle.

Pour la France, l’enjeu est d’intégrer l’ADNe dans les protocoles de la Directive-Cadre Stratégie pour le Milieu Marin (DCSMM) pour répondre aux descripteurs dédiés à ces espèces. L’objectif est de passer d’une « gestion réactive » (agir quand l’invasion est massive) à une « gestion proactive » (détecter l’intrus dès son arrivée pour maximiser les chances d’éradication ou de contrôle).

L’ADNe et les sciences participatives sont complémentaires et non concurrents :

  • L’ADN excelle dans la détection exhaustive et non invasive de la biodiversité, y compris invisible,
  • Les Sciences Participatives offrent une couverture spatiotemporelle étendue, un coût réduit et constitue un incroyable levier de sensibilisation.

Leur combinaison permet une évaluation plus solide et plus globale de la biodiversité marine, indispensable à la conservation dans le contexte du changement climatique et des pressions anthropiques.

La surveillance au cœur des Journées Nationales Techniques à Sète organisées par l’IFREMER les 22 et 23/01/26 (par Fanny Monod-Mitrev, CC BY-SA)

 

Pour aller plus loin 

 

Les fiches-espèces de BioObs

Voici les fiches créées au cours du mois d’avril : les connaissez-vous ?

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